En su Historia General del Nuevo Reino de Granada, cita Piedrahita a “Juan Gómez Portillo, natural de Portillo, en jurisdicción de Toledo, y casado en Carmena con Catalina Martín Pacheco”. Participo en la conquista de Colombia a las órdenes de Gonzalo Jiménez de Quesada y Rivera, explorador y conquistador de Colombia.

Llegó a Santo Domingo con la armada del Adelantado de Canarias, don Pedro Fernández de Lugo, y de allí pasó, en la misma expedición a Santa Marta (Colombia). Luego tomó parte activa en el sometimiento de las tribus de indios de aquella provincia. Cuando Jiménez de Quesada salió al descubrimiento de las cabeceras del río grande de la Magdalena, Gómez Portillo se enroló en su expedición como soldado machetero. Mas tarde militó bajo las ordenes de Juan de Céspedes, como soldado de una de las dos compañías de infantería comandadas por este capitán y que, por disposición del entonces Gobernador interino del Reino, Hernando Pérez de Quesada, acudieron a someter a los indios que se habían insurreccionado y hecho fuertes en los escarpados peñones de Suta, Tausa y Simijaca. Allí con gran maestría, un pequeño destacamento de infantería, acaudillados por Gómez Portillo y Pedro Galeano,  logro con gran presteza ganar la cima del peñón y desbaratar las fuerzas de los tausas que emprendieron la fuga unos y los otros, que eran la mayoría, se rindieron y pactaron la paz con los castellanos.

Como resultado de sus conquistas militares, en el repartimiento de tierras y de indios, le fue concedida la Encomienda de Usme. Regresó a España a por su familia, su esposa y una hija, Juana Bautista Gómez Portillo y volvió con ellas a Colombia. Después de su muerte, sucedida en Santafé, aproximadamente en el año 1569, su hija quedó como heredera de la encomienda.